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4月10日，据媒体人苗原发布的文章透露，上村健一的助教团队与中方助教存在矛盾，甚至出现了动手的情况。
上村健一执教U17，带了几名日本助手，他们的履历、经验和带小组训练能力，是明显不如上村健一的，甚至有过一些非常“不职业”的举动，曾在广州富力与他们共事过的教练回忆：“我很尊重上村的业务能力，但他的日本助手们水平真的很差，甚至可以说非常低下，这样的团队移植到国少这个平台，如果中方教练组有不服气，我非常能理解，因为我自己都不服气！”
尽管如此，言语上的通畅让上村健一跟他们之间的沟通和信任显然更多。同样辛苦努力，甚至付出更多的中方团队成员，心里难免有疙瘩，却也无可奈何。一个团队，最忌讳的就是“不患寡而患不均”。
在海外备战期间，一位日本助手因为闯入中方教练布置好的训练小场地，双方从言语冲突很快“升级”，日本助手挨了一巴掌。虽然上村健一平息了此事，但队内的矛盾已经显而易见。
这不是上村团队第一次跟中国教练团队冲突。在广州、武汉两家俱乐部执教期间，上村健一都与中国教练、俱乐部领导产生过矛盾，包括言语冲突，也包括肢体冲突。
一位跟上村健一比较熟悉的A教练，对他的业务能力非常认可，“私下没有话筒和镜头的场合时，他说要在中国留下自己的足球遗产，要好好帮助一下我们，他的专业能力是没问题的，可以说很出色！”
“但和上村健一一起工作，真的不会非常舒适、愉快，他的性格有些难以相处，你对他表现出尊敬，他会觉得你水平很差、内心很虚，态度上就很看不起人。”力挺上村执教能力的A教练强调。
另一位跟上村共过事的B教练，对上村却非常不以为然，“他完全把中国当做了日本，把中国足球当做了日本足球，完全没有一点为中国改变自己的意思，脾气也非常冷硬，国内教练很难跟他共事，时间久了就会延伸到对他和他团队整个执教能力的怀疑和否定。”
如此两极的评价，某种程度上，也是中日足球人在文化思维、处事方式、甚至足球理解上的差异投射在工作中的具体表现。
在俱乐部如此，在国字号也没能例外。在U17国青，从球迷到队内，都认为上村健一对部分球员的使用难以理解。再说的直白一些，就是存在所谓“嫡系球员”，对此接近上村的知情人表示：“上村从来不会对中国球员有所区分，没有嫡系的说法，说上村有嫡系，本身就是一种对球员进行亲疏远近划分的中国式表达。”
在与沙特第一场比赛，上村健一撤下了他一手提拔却也饱受诟病的后腰闫宇喆，换上了他来之前球队的后腰组合刘柄麟和刘佳乐。球队战术也从门将、后腰控球，改成了经常性的起大脚，结果却仍不尽如人意。
